不孕檢查的核心項目涵蓋荷爾蒙評估、影像學檢查與生殖系統功能檢測，費用因地區與醫療機構差異顯著。女性必做項目包括「基礎荷爾蒙六項」（FSH、LH、E2、Prolactin、Testosterone、AMH），台灣健保部分給付後自費約1,500-3,000元新台幣，AMH（抗穆勒氏管荷爾蒙）單獨檢測需2,000-3,500元，用於評估卵巢庫存量（正常值2-6.8 ng/mL，＜1.0 ng/mL為卵巢早衰）。超音波檢查（陰道或腹部）單次800-1,500元，監測排卵週期需連續3-5次，總費用約4,000-7,500元，可偵測子宮內膜厚度（排卵期≥8 mm為佳）與卵泡發育（成熟卵泡直徑18-24 mm）。
男性精液分析為關鍵項目，常規檢測（精液量、濃度、活動力、形態）費用約1,000-2,500元，WHO第五版標準下，正常精蟲濃度≥1,500萬/mL，活動力≥32%，形態正常率≥4%。若異常需進階檢查，如DNA碎片化指數（DFI）檢測3,500-6,000元，DFI≥30%會使自然受孕率下降50%（《生殖醫學期刊》2023年研究）。
輸卵管造影（HSG）與子宮鏡檢查不可或缺。輸卵管造影費用約8,000-15,000元，可評估輸卵管通暢度（阻塞率約15-20%），若需X光與超音波雙模造影（HyCoSy）則增至12,000-20,000元。子宮鏡檢查（診斷性）自費15,000-30,000元，用於檢測息肉、沾黏或畸形（發生率約10-15%），若合併內膜切片加收5,000-10,000元。
進階項目如「夫妻染色體分析」單人6,000-12,000元，可排查平衡性轉位等異常（占反覆流產因素的3-5%）。免疫不孕檢查（抗磷脂抗體、NK細胞活性）全套約10,000-25,000元，異常者占不明原因不孕的15-20%。台灣試管嬰兒前常規檢查總費用中位數約3-5萬元，若含基因檢測（如PGT-A）則增至8-15萬元。
國際比較方面，美國基礎不孕檢查自費約1,200-2,500美元（約3.6-7.5萬台幣），英國NHS部分給付後自付額約500-1,000英鎊（1.9-3.8萬台幣）。日本「不孕症初診套組」約5-10萬日圓（1.1-2.2萬台幣），但腹腔鏡等手術檢查另需20-40萬日圓。
費用差異主因檢測技術與機構層級。以AMH檢測為例，台灣醫學中心使用電化學發光法（ECLIA）誤差±0.2 ng/mL，而ELISA法（部分診所採用）誤差±0.5 ng/mL，價格低20-30%但準確度較差。高階影像如3D超音波單次2,500-4,000元，可精確測量子宮腔容積（正常值≥5 cm³）與肌瘤定位，較2D超音波（1,000-1,800元）診斷率提升15%。
據2023年台灣生殖醫學會統計，完整不孕檢查可找出80-85%病因，其中排卵障礙占30%、輸卵管問題25%、男性因素30%，其餘為子宮或免疫異常。及早針對性檢查可縮短診斷期（中位數從18個月降至6個月），並提高自然受孕或治療成功率15-25%。
